Sejarah Indonesia merangkumi sebuah tempoh yang amat panjang yang bermula sejak dari zaman prasejarah lagi oleh "Manusia Jawa" pada sekitar 500,000 tahun dahulu. Tempoh dalam sejarah Indonesia dapat dibahagikan kepada lima era:
- era sebelum penjajahan, dengan munculnya kerajaan-kerajaan Hindu-Buddha serta Islam di Jawa dan Sumatera yang terutamanya mengukuhkan perdagangan;
- era penjajahan, dengan masuknya orang-orang Eropah (terutamanya Belanda) yang menginginkan rempah-rempah dan mengakibatkan Indonesia dijajah oleh Belanda selama sekitar 350 tahun antara awal abad ke-17 hingga pertengahan abad ke-20;
- era kemerdekaan, selepas Pengisytiharan Kemerdekaan Republik Indonesia (1945) sehingga jatuhnya Sukarno (1966);
- era Orde Baru di bawah pemerintahan Suharto selama 32 tahun (1966–1998); dan
- era reformasi yang berlangsung sehingga sekarang.
Para cendekiawan India telah menulis tentang Dwipantara atau Kerajaan Jawa Dwipa Hindu di pulau Jawa dan Sumatera pada sekitar 200 SM. Kerajaan Taruma menguasai Jawa Barat pada sekitar tahun 400, dengan agama Buddha tiba di wilayah tersebut pada tahun 425.
Pada Zaman Pembaharuan Eropah, Jawa dan Sumatera telah mempunyai warisan peradaban yang berusia ribuan tahun dan sepanjang dua buah kerajaan besar.
Kerajaan Hindu-Buddha
Berawal dari abad ke-4 di Kerajaan Kutai tepatnya di Kalimantan Timur merupakan Kerajaan Hindu pertama di Nusantara. kemudian perkembangan berlanjut antara abad ke-7 hingga abad ke-14, kerajaan Buddhisme Sriwijaya berkembang pesat di Sumatera. I Ching, penjelajah China, mengunjungi ibu kotanya di Palembang pada sekitar tahun 670. Pada puncak kejayaannya, Sriwijaya menguasai daerah sejauh Jawa Barat dan Semenanjung Tanah Melayu. Abad ke-14 juga memperlihatkan kebangkitan sebuah kerajaan Hindu di Jawa Timur, Majapahit. Antara tahun 1331 hingga tahun 1364, Gadjah Mada, patih Majapahit, berhasil menguasai wilayah yang kini merupakan sebahagian besarnya Indonesia bersama-sama hampir seluruh Semenanjung Melayu. Warisan dari zaman Gadjah Mada termasuk pengekodan undang-undang dan kebudayaan Jawa, seperti yang terlihat dalam roman kesateriaan Ramayana.
Kerajaan Islam
Islam tiba di Indonesia pada sekitar abad ke-12 dan melalui bercampur bebas, menggantikan agama Hindu sebagai agama yang terutama pada akhir abad ke-16 di Jawa dan Sumatera; hanya Bali yang tetap mempertahankan majoriti penganut Hindunya. Di kepulauan-kepulauan di timur, paderi-paderi Kristian dan ulamak-ulamak Islam diketahui sudah aktif pada abad ke-16 dan 17 dan pada saat ini, adanya sebahagian yang besar penganut kedua-dua agama ini di kepulauan-kepulauan tersebut. Penyebaran Islam didorong oleh hubungan perdagangan di luar Nusantara; umumnya para pedagang dan ahli kerajaanlah yang pertama menganuti agama baru tersebut. Kerajaan-kerajaan yang penting termasuk Mataram di Jawa Tengah, serta juga Kesultanan Ternate dan Kesultanan Tidore di Maluku di timur.
